W okresie poprzedzającym wybuch wojny na terenie przygranicznych gmin Kopanica i Siedlec dało się zauważyć wzrastającą aktywność mniejszości niemieckiej, zwłaszcza w Tuchorzy. Młodzież niemiecka w celu uniknięcia poboru do wojska uciekła przez mało chronioną granicę do Niemiec.

W obawie przed wkroczeniem Niemców wielu Polaków z nadgranicznych miejscowości opuściło swoje gospodarstwa udając się na wschód. Exodus Polaków spowodowany był m. in. działaniem miejscowych Niemców, którzy grozili Polakom odwetem za rzekome "krzywdy" doznane w przeszłości. Zdarzały się też wypadki podpalania polskich gospodarstw.

Niektórzy mieszkańcy Siedlca i Tuchorzy czy Kopanicy dotarli w ten sposób aż za Poznań, nierzadko w okolice Kutna.

W dniu wybuchu wojny, 1 września, Niemcy nie wkroczyli jeszcze głębiej na teren przygranicznych gmin Kopanica i Siedlec. W nadgranicznych wioskach znalazły się jedynie pojedyncze patrole niemieckie. Zajęto m. in. Kopanicę. W tym dniu zginęli też pierwsi Polacy z terenu pogranicza. M. in. przed własnym domem zastrzelony został sołtys Małej Wsi, 63-letni Stanisław Tomys. Podobny los spotkał idącego do pracy w dniu 1 września 36-letniego Władysława Weissa z Wąchabna, zastrzelonego koło Kopanicy.

Do większości miejscowości gmin Kopanica i Siedlec wkroczyli Niemcy 7 września, a w następnym dniu rozpoczęła pracę oficjalna administracja niemiecka. M. in. utworzono posterunki policji w Kopanicy i Tuchorzy oraz powołano niemieckich sołtysów. Siedzibę władz gminnych przeniesiono z Siedlca do Tuchorzy. Wprowadzono niemieckie nazwy wsi np.: Kopanica - Köbnitz, Siedlec - Kirchdorf, Tuchorza - Teichrode, Karna - Lichtenheim, Reklin - Oberhausen, Jaromierz - Paulwiese itp.

Fala terroru niemieckiego dotknęła mieszkańców jeszcze we wrześniu i październiku 1939 roku. Aresztowanych więziono w katowni "Rafia" w Wolsztynie. Zamordowany został tam m. in. uczestnik kampanii wrześniowej 23-letni Franciszek Rurkowski z Tuchorzy. Z miejscowości tej zamordowano ogółem 12 osób, w tym m. in. ks. Tyma, powstańca wielkopolskiego Władysława Nowaka (rozstrzelany na Bielniku) oraz trzech braci Stróżyńskich. Z Siedlca zamordowano 14 osób, w tym ks. E. Gramlewicza i nauczyciela E. Tomińskiego. Zamordowano też czterech nauczycieli z Kiełpin: Cz. Masznera, W. Primkego, S. Rysmana oraz S. Sobieszczyka. Bardzo długa jest lista pomordowanych mieszkańców gmin Kopanica i Siedlec.

W grudniu 1939 roku nastąpiło pierwsze masowe wysiedlenie Polaków z powiatu wolsztyńskiego do tzw. Generalnej Guberni. Wysiedlonych, którym pozwolono zabrać tylko niezbędne rzeczy osobiste, osadzono przejściowo w obozie w Komorowie koło Wolsztyna, a następnie wywieziono w okolice Białej Podlaskiej i Siedlec. Pierwszym transportem kierował komendant posterunku żandarmerii z Siedlca Hudasch. Ogółem wg niepełnych danych wysiedlono z ówczesnych gmin Kopanica i Tuchorza ok. 400 rodzin. Część rodzin przesiedlono z własnych gospodarstw do innych miejscowości powiatu wolsztyńskiego i nowotomyskiego, gdzie zatrudniono ich u niemieckich gospodarzy. Gospodarstwa odebrane Polakom zajęli bądź miejscowi Niemcy powiększając swoje gospodarstwa, bądź też osiedlono na nich tzw. Niemców nadbałtyckich i wołyńskich, którzy w krótkim czasie je kompletnie zdewastowali.

Bardzo ciężkie warunki życia mieli również ci mieszkańcy obecnej gminy Siedlec, którzy nie zostali wysiedleni ani przesiedleni, ale przebywali  przez okres wojny w swoich miejscowościach. Pozostawiono ich głównie po to, aby zapewnić sobie tanią siłę roboczą, względnie by prowadzić produkcję rolną w małych gospodarstwach o słabej glebie, na które nie było reflektantów spośród Niemców. Polacy musieli pracować przymusowo w gospodarstwach niemieckich. Ewentualne nadwyżki siły roboczej skierowywano w głąb Rzeszy.

Ludność polska pozbawiona była opieki prawnej i zdrowotnej, zlikwidowano polskie szkoły, zamknięto kościoły. Najdłużej czynny był kościół w Kopanicy (1943).

Panowanie niemieckie skończyło się na ziemi wolsztyńskiej w styczniu 1945 roku. W dniach 24 - 26 stycznia wszystkie miejscowości obecnej gminy Siedlec zostały wyzwolone. Niemcy wycofując się z Siedlca podpalili rano 26 stycznia kościół, który spłonął. Nie zdążyli natomiast zniszczyć kościoła w Chobienicach, gdyż zaskoczeni przez Rosjan musieli uciekać.